De orgelhistorie van de stad Genemuiden gaat ver terug. Met het verlenen van stadsrechten in 1275, nam de parochie een nieuwe kerk in gebruik: de St. Nicolaaskerk. In de fundatiebrief van de Onze Lieve Vrouwe vicarie stond dat op bepaalde dagen, tijdens de missen, orgelspel verplicht was. In het licht van de tijd gezien, duidt het voorgaande op het gebruik van een positief; een klein instrument dat werd gebruikt om sfeer te maken.

In 1484 werd het bestaande orgel in de St. Nicolaaskerk vervangen door een nieuw, beter functionerend instrument. Meester Johan ten Damme uit Appingedam met zijn drie knechten waren er 18 weken mee bezig. De kerkmeesters zorgden voor de benodigde materialen en kost en inwoning. Op 2 januari 1485 werd het instrument opgeleverd en gekeurd door de Zwolse secretaris en organist Johan ten Water. Daarbij waren ook de schepenen van Zwolle aanwezig. De kosten waren 60 Rijnse goudgulden. De stadsregering van Zwolle gaf een gift.

Een volgend bericht over orgelbouw dateert van 1820. In dat jaar bouwde Albertus van Gruisen een nieuw orgel in de hervormde kerk met 10 registers. Gezien het verslag van de ingebruikneming, stond er daarvoor waarschijnlijk geen orgel in het kerkgebouw. Omdat men de capaciteit van het orgel onvoldoende vond voor de gemeentezang, kreeg Nicolaus Anthony Lohman opdracht het orgel uit te breiden met een rugpositief met 8 stemmen. Het betrof een krachtig geïntoneerd, zeer fraai instrument met twee handklavieren en vier blaasbalgen voor de luchtvoorziening. Met name Lohman was in die tijd een van de betere orgelbouwer.

Op zondag 6 augustus 1882 werd het kerkgebouw met het orgel en andere inventaris en een deel van de Kerkbuurt door brand verwoest. De St. Nicolaas kerk werd in Gotische stijl herbouwd en op 23 december 1883 in gebruik genomen. Zwier van Dijk uit Kampen, die het orgel in onderhoud had, kreeg opdracht voor de bouw van een nieuw orgel. Dat resulteerde in een prachtig instrument met twintig stemmend, 1274 pijpen, 2 handklavieren (C-f ¹¹¹), met aangehangen pedaal, alles gebouwd naar het toenmalig mechanisch systeem. Zwier van Dijk bouwde het orgel handmatig vanuit historisch perspectief. Het betreft het laatst gebouwde historische orgel met een hoofd- en rugwerk van de 19^e eeuw. Het orgel werd ingewijd op dankdag 4 november 1885.

In 1961 is het orgel door firma L. Verschueren uit Heythuysen uitgebreid met een vrij pedaal met 6 stemmen. Er werden verschillende dispositiewijzigingen doorgevoerd. Bovendien kreeg het orgel een nieuwe windvoorziening met regulateurs. De orgelpijpen werden schoongemaakt en waar nodig hersteld. In 1985/1986 zijn er werkzaamheden uitgevoerd door firma Kaat en Tijhuis uit Kampen. Die vervingen de windladen van het hoofdwerk. Bovendien kreeg het instrument een nieuwe windvoorziening en werden verschillende registerwijzigingen doorgevoerd. Vrijwel de hele speel-en koppelmechaniek is toen vernieuwd. Het orgel telt op dit moment 27 stemmen. Van de 20 door Zwier van Dijk geplaatste stemmen zijn er nog 17 aanwezig Van de resterende stemmen zijn er 7 door firma L. Verschueren geplaatst en 3 door firma Kaat en Tijhuis.